İkinci Dünya Savaşı'nın arifesinde 1937 yılında geçen hikâye, "D Ajansı" olarak bilinen gizemli bir casus eğitim örgütünü konu alır. Japon İmparatorluk Ordusu'ndan Yarbay Yuuki tarafından kurulan bu örgüt, askeri akademi mezunlarının ötesinde yetenekli kişileri eğiterek manipülasyon sanatında uzman ajanlar haline getirir. Anti-kahraman ajan Jirou Gamou, "Kara Notlar" adlı gizli belgeleri ele geçirmek için tehlikeli bir göreve çıkarken kendi saflarındaki ve dışarıdaki güçlerle mücadele eder.